Η βακτηριακή μορφή της προστατίτιδας εμφανίζεται λόγω μόλυνσης στον προστάτη αδένα. Η θεραπεία εξαρτάται από τον τύπο της λοίμωξης (παθογόνο), χρησιμοποιούνται διαφορετικά φάρμακα και φυσικοθεραπεία. Αυτή η μορφή προστατίτιδας χρειάζεται πολύ χρόνο για να θεραπευτεί. ανάλογα με τον τύπο, μπορεί να διαρκέσει από 1 μήνα έως έξι μήνες.